Potaknut željom studenata koji su s uspjehom završili razine A i B obrazovanja, a koji su željeli aktivnosti za mlade provoditi i nakon odrađenog obveznog praktičnog dijela predavanja, PRONI Centar je 1999. godine razvio ideju otvaranja Klubova za mlade.Zajedno sa predstavnicima općina i gradova u istočnoj Hrvatskoj, te predstavnicima donatorske organizacije Norveška narodna pomoć(NPA) prvi su klubovi obnovljeni i spremni za upotrebu. Voditelji klubova su odabrani, i zapravo tim je činom Odjel Klubova za mlade unutar PRONI Centra započeo službeno djelovati. Prvi Klub za mlade je otvoren krajem 1999.godine u Šodolovcima, a zatim u Osijeku, Vukovaru, Laslovu i Dalju. Kako su rezultati bili odlični i svakodnevna suradnja s predstavnicima lokalne samouprave bivala sve bolja, PRONI Centar je odlučio otvoriti još dva kluba 2001.godine u Kozarcu i Lovasu, te 2002.godine u Ernestinovu i općini Tompojevci.

KMBrsadin1PRONI se 2002.godine još više razvio, a novi projekti su odobreni. Odobren je projekt, te je potpisan ugovor sa predstavnicima OSCE misije u Hrvatskoj koji se odnosi na uspostavljenje novih klubova za mlade i kreiranja njihove mreže, te uspostavu suradnje i zajedničkih programa s predstavnicima lokalne samouprave. PRONI Centar je po istim načelima u suradnji s predstavnicima lokalne samouprave otvorio 5 novih klubova u istočnoj Hrvatskoj – u Petrovcima, Negoslavcima, Bršadinu, Dardi i Donjem Miholjcu, te po prvi put proširio svoje aktivnosti na zapadnu Hrvatsku – na područje grada Gline i Siska, te na južnu Hrvatsku – na područje grada Knina, Šibenika, Benkovca, te općine Kistanje.
Postojećih devetnaest Klubova za mlade, s trideset i jednim voditeljem vođenim od strane koordinatora i menadžera Klubova za mlade, organizirali su mnogobrojne aktivnosti i radionice temeljene na umjetnosti, glazbi, plesu, kreativnosti, neformalnoj edukaciji i debati, kulturi, sportu i javnim događanjima, te okupili preko 1 300 redovnih članova koji posjećuju klubove svakodnevno.

KMNegoslavciTijekom 2003.godine PRONI Centar je pokrenuo proces osamostaljivanja Klubova za mlade, kako bi se ravnopravno mogli javiti na natječaj raspisan od strane Državnog Zavoda za zaštitu obitelji, materinstva i mladeži. Rezultati su sljedeći: 13 Klubova je dobilo odobren projekt, 4 Kluba nisu dobila odobren projekt, Klub mladih Glina ostao je sastavni dio PRONI Centra i nije se javio na natječaj, a Klub mladih Benkovac je prestao sa djelovanjem 01.01.2003.godine.
Danas PRONI Centar svoje aktivnosti vezane uz rad Klubova za mlade najviše provodi na području zapadne i južne Hrvatske gdje pomaže osnaživanje civilnih inicijativa koje žele otvoriti Klub mladih. Paralelno, PRONI će nastaviti podupirati provedbu Nacionalnog programa djelovanja za mlade, te će svoje aktivnosti kao i do sada prilagođavati u tom smjeru.